Laut katholischer Gemeinde Immenstadt stand schon vor dem Jahr 900 und der Glaubensverkündung eine kleine Kirche auf der Stelle der heutigen Pfarrkirche in damaligem Immendorf. Im 12. Jahrhundert ist mutmaßlich die größere Kirche erbaut worden. In den Jahren 1484, 1530 und 1704 brannte die Kirche ab. Der neu errichtete Bau mit typischem Zwiebelturm wurde 1707 dem hl. Nikolaus und Magnus geweiht. Anfang des 20. Jahrhunderts wurde ein großer Umbau in neubarockem Stil vorgenommen, wonach die St. Nikolaus Kirche eine der größten sakralen Bauten im Oberallgäu wurde.

Verschiedene Künstler wie Rudolf Lanzinger, Ludwig Glätzle und Franz Hämmerle gestalteten die Fresken, Gemälde und ein neues Volksaltar im Innenraum der Kirche. Die wahren Schätze der Spätgotik ist eine Figur der Madonna aus der Immenstädter-Werkstatt der Kunstfamilie Striegel sowie die Statuen des Hl. Sebastian und des Hl. Rochus von Jakob Maurus aus Kempten.